St. Maria Lyskirchen ist die kleinste der romanischen Kirchen Kölns. Sie wurde von Anfang an als Pfarrkirche errichtet. Wohlhabende Bürger des reichen Oversburg südlich der ehemaligen Römerstadt, einst ein Bereich der Fischer und Schiffer, ließen zu Beginn des 13. Jahrhunderts an der Stelle einer einfachen, von einem Lysolphus zu Ehren Marias gestiftete Kirche diese dreischiffige Emporenbasilika errichten. Trotz der tiefgreifenden barockisierenden Umgestaltung des Baus im 16. und 17. Jahrhundert blieben die romanischen Decken- und Wandmalereien aus dem 13. Jahrhundert im Kirchenschiff und in den Turmkapellen unter einer im 19. Jahrhundert wieder entfernten Tünche als ein einzigartiges Zeugnis der Entstehungszeit erhalten. Eine spätgotische Marienfigur aus der Zeit um 1420, die sog. „Schiffermadonna“, genießt eine besondere Verehrung. Ursprünglich war hinsichtlich des Baus, wie bei St. Kunibert im Norden der Stadt, so auch hier ein Chor mit zwei Türmen geplant; doch der südliche Turm wurde nie ausgeführt.