Bischof Kunibert errichtete möglicherweise über einem heidnischen Wasserheiligtum, dem „Kuniberts Pütz“, dem legendären Kölner Kinderborn, eine dem Wasserheiligen Papst Clemens geweihte Kirche. Sie wurde in späteren Jahrhunderten St. Kunibert, dem Bischof der Merowingerzeit und Ratgeber König Dagoberts, der hier auch beigesetzt wurde, gewidmet. Der völlige Neubau der Herrenstiftskirche ist in der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts als dreischiffige, lichte Basilika der letzte romanische Kirchenbau in Köln. 1247, ein Jahr vor der Grundsteinlegung des gotischen Doms, wurde er unter großer fürstlicher Anteilnahme eingeweiht. Mit ihm findet der Kranz der romanischen Kirchen im städtischen Rheinpanorama zugleich seinen nördlichen Abschluss. Mittelalterliche Wandmalereien von etwa 1260, eine großartige Verkündigungsgruppe von 1439 und vor allem die beeindruckenden spätromanischen Fenster im Chor, die ältesten erhaltenen in Köln, konnten neben anderen Ausstattungsstücken über den Krieg hinüber gerettet werden, während der Bau selbst beträchtliche Zerstörung erlitt.